L’Eglise actuelle, avec ses fenêtres ogivales étroites, date du XIIe siècle. L’origine du nom de la commune est Pietra Fista (Pierre fixe), pierre plate qui serait enfouie sous l’église. Le clocher de l’église est fortement incliné avec 1,5 m de faux aplomb.
L’église de Pierrefitte-ès-Bois est vouée à Saint Amâtre ou Saint Amateur, évêque d’Auxerre de 386 à 418. Ce dernier est connu pour avoir accompli de nombreux miracles et guérisons, dont l’une à Pierrefitte. Un grand tableau datant du XVIIe ou du XVIIIe siècle représente Saint Amâtre en bas de la nef de l’église.
