Au début du XXe siècle, Flers décida de construire une nouvelle église dédiée à saint Germain. La ville possédait déjà un édifice consacré à ce saint, mais celui-ci était jugé trop petit et menaçait ruine. Sa haute tour, datée du XVIIe siècle, fut entièrement démolie après l’achèvement de la nouvelle église.
La première pierre de l’église Saint-Germain fut posée le dimanche 17 juillet 1910, jour de la fête de Jeanne d’Arc. La construction fut financée grâce à la générosité des habitants, qui en firent rapidement un sujet de fierté. Les flèches prévues dans le projet ne furent toutefois jamais réalisées. L’édifice conserva deux tours, dont l’achèvement fut difficile.
Le 6 juin 1944, l’église fut lourdement touchée par les bombardements. Les murs épais en granit et les tours demeurèrent, mais l’intérieur fut presque entièrement détruit. Une bombe traversa notamment le chœur avant d’exploser dans la crypte, où de nombreux habitants s’étaient réfugiés. Les vitraux, les rosaces, les chaises, les ornements et les grilles en fer forgé qui entouraient le chœur furent également anéantis.
Cette vaste construction néo-gothique conserve aujourd’hui de nombreux vitraux modernes, réalisés entre 1960 et 1962. Les verrières de l’abside sont dues à Chevallier. La rosace située au-dessus du porche, ainsi que les hautes verrières de la nef et du chœur, ont été réalisées par le verrier flérien Jean Chaudeurge. La rosace se distingue par ses couleurs particulièrement chatoyantes.
