Tout d’abord chapelle dépendant de l’abbaye bénédictine de Saint-Evroult-Notre-Dame-du-Bois, l’église Saint-Gilles de Fougy devient, au XIIIe siècle, l’un des prieurés-cures rattachés à l’abbaye prémontrée de Silly-en-Gouffern, selon cinq bulles papales. Cette double dépendance se lit encore dans son décor intérieur. La consécration à saint Gilles rappelle son origine bénédictine, tandis que les références à saint Augustin et à saint Norbert évoquent les fondateurs des prémontrés.
L’originalité de l’édifice réside notamment dans le décor du chœur, réalisé entre la fin du XVIe et le début du XVIIe siècle. Un retable en pierre, présenté comme le plus ancien du Pays d’Auge, encadre un autel baroque en bois sculpté. Celui-ci comporte deux médaillons remarquables du début du XVIIe siècle représentant saint Augustin et saint Norbert. La voûte est ornée d’un décor porté figuratif réunissant vingt-six personnages grandeur nature autour de la Trinité. Cet ensemble est considéré comme exceptionnel en Basse-Normandie et comme le plus ancien décor porté figuratif de l’Orne.
Le décor du côté sud est consacré aux apôtres : saint Pierre, saint Jacques le Majeur, saint Jean, saint André, saint Philippe, saint Thomas, saint Barthélemy, saint Matthias, saint Matthieu, saint Simon le Cananéen, saint Jacques le Mineur, saint Jude et saint Paul. Du côté nord figurent notamment saint Blaise et ses bourreaux, saint Gilles, saint Augustin, saint Norbert, la Vierge Marie, Jésus, saint Joseph, saint Joachim, sainte Anne, saint Sébastien et saint Michel.
L’église conserve également deux piscines romanes et une piscine trilobée du XIIIe siècle, une statue de saint Gilles du XIIe siècle, ainsi que deux autels baroques. Le premier est associé à une Vierge en pierre polychrome du XVe siècle ; le second comprend une statue de saint Blaise et du mobilier du XVIIe siècle. L’église est inscrite à l’inventaire supplémentaire des monuments historiques. Elle est accessible librement les samedis, dimanches et jours fériés toute l’année.
