Les collections du musée sont riches et diversifiées : archéologie, peinture, sculpture, orfèvrerie des XIX et XXe siècles…
Parmi ses collections, le musée présente des œuvres exceptionnelles de Georges Rouault, les «Stella» et les gravures du « Miserere » inspiré par la Guerre de 14-18. D’autres artistes locaux sont également exposés tels que Després, Quost, Vestier… Une salle présente les découvertes archéologiques dans l’Avallonnais. Le musée offre également l’opportunité de découvrir les traditions culturelles et religieuses de la minorité Yao répartie aujourd’hui du sud de la Chine au nord de la Thaïlande.
