À l’abri des anciens remparts du bourg de Haute Bonne, l’église Saint-Nicolas s’inscrit dans un environnement lié à l’histoire fortifiée du lieu. De style roman, elle est décrite comme l’ancienne chapelle du château de Bonne. Son chœur, partie de l’édifice destinée à accueillir l’autel et les célébrations liturgiques, remonte à la première moitié du XIIIe siècle. Il constitue ainsi l’élément le plus ancien mentionné dans l’histoire du bâtiment.
La nef, espace principal réservé aux fidèles, aurait été ajoutée au XVIe siècle. Cette formulation laisse ouverte la question de la date exacte de cette transformation, conformément aux informations disponibles. L’église présente donc plusieurs étapes dans son développement, entre un chœur médiéval et une nef plus tardive. L’édifice a par ailleurs été restauré en 2018. Sa présence au sein de l’ancien bourg de Haute Bonne rappelle le lien entre l’ancienne chapelle castrale et l’organisation historique de ce secteur.