La Source de la Saine se trouve dans la Haute-Vallée de la Saine, au sein d’un site classé marqué par une grande diversité de richesses naturelles. La rivière naît au pied d’un vaste cirque calcaire, un amphithéâtre naturel formé par d’impressionnantes parois rocheuses. Elle surgit discrètement à travers un pierrier, donnant naissance à un torrent dont le cours se poursuit en aval.
À partir de cette source, la Saine a façonné au fil des siècles un paysage composé de gorges, de cascades et de reliefs où alternent les caractères sauvages et plus doux. Le débit et la vivacité des eaux peuvent être particulièrement marqués après de fortes précipitations, offrant alors un spectacle de torrent impétueux.
Un circuit de randonnée balisé permet d’accéder à la source depuis le bureau de la Maison du Tourisme de Foncine-le-Haut. Cet itinéraire correspond à la randonnée n° 12 du topo pédestre Champagnole Nozeroy Jura. Le nom de la rivière, la Saine, ne doit pas être confondu avec celui de la Seine.