L’histoire du Musée du Sel s’inscrit dans celle des salines de la Pointe de Bretagne. La collecte naturelle du sel par les habitants est attestée depuis au moins 1704. À la fin du XIXe siècle, Jean Dussac, propriétaire de l’usine sucrière Stella, aménage des salines. Leur exploitation se poursuit jusqu’en 1948, avant un abandon lié à la concurrence du sel de Diego Suarez. Les salines connaissent une nouvelle période d’activité de 1961 à 1972, puis ferment de nouveau.
En 1980, le Conservatoire du littoral rachète la Pointe de Bretagne et en confie la gestion au conseil général de La Réunion. La production reprend en 1996, sur une superficie limitée à 2 hectares, selon des méthodes qui demeurent artisanales.
L’écomusée du Sel de Saint-Leu ouvre au public le 16 janvier 2007. Il prend place dans une longère autrefois utilisée pour stocker et sécher le sel extrait des salines voisines. Rattaché au Muséum d’histoire naturelle de La Réunion, l’établissement est rénové en 2021 et présente depuis une nouvelle muséographie.