Le bâtiment qui accueille aujourd’hui le Muséum d’Histoire Naturelle de La Réunion fut construit dès 1834. Jusqu’en 1848, il abrita successivement le conseil colonial, puis le conseil général, avant que ce dernier ne soit transféré dans l’actuelle préfecture.
La création du muséum fut officiellement décidée le 1er février 1854, lorsque le gouverneur de La Réunion, Louis Henri Hubert-Delisle, signa l’arrêté correspondant. Dès le 11 avril de la même année, une commission chargée de son organisation et de son administration fut instituée. Elle était présidée par Gustave Manès, maire de Saint-Denis, et réunissait notamment les médecins naturalistes Charles Coquerel et Auguste Vinson.
Présenté comme le premier muséum d’histoire naturelle de l’océan Indien, l’établissement fut inauguré le 14 août 1855 en présence du major général Hay, gouverneur de l’île Maurice. Il ouvrit ses portes au public quatre jours plus tard. Une circulaire du 24 août précisait sa vocation : rassembler « toutes les richesses des différents règnes », notamment les spécimens « si abondants et si variés de la mer des Indes ».
En 1858, le docteur Joseph Bernier succéda à Gustave Manès. Passionné de botanique et de zoologie, il étudia la flore et la faune de l’île. Le 30 mai 1862, Auguste Lantz, préparateur au Muséum national d’histoire naturelle de Paris, fut choisi comme conservateur. Il prit ses fonctions à La Réunion le 8 août 1864 et les conserva jusqu’à son décès, en 1893.