Au Moyen Âge, Saint-Sever occupe une position stratégique entre la plaine de pins et la Chalosse vallonnée. La cité, établie sur un site dominant l’Adour, aurait été occupée dès la protohistoire. Cette implantation explique son importance au cours des siècles.
Le site classé de Morlanne aurait accueilli un camp et un palais gallo-romains. Il pourrait également correspondre à l’emplacement d’une première église martyriale consacrée à saint Sever. Depuis 1932, les arènes y sont installées.
La présence de l’abbaye bénédictine constitue l’un des éléments majeurs du patrimoine de Saint-Sever. Fondée en 988, elle figure sur la liste du patrimoine mondial de l’UNESCO au titre des chemins de Compostelle. Elle est également mentionnée comme ayant été fondée et protégée en 1100.
Les fortifications de la ville furent agrandies au XVe siècle. Elles comprennent notamment des tours, une échauguette et une porte, et intègrent le couvent des Jacobins, édifié entre 1280 et 1686. Les rues de Saint-Sever conservent aussi plusieurs hôtels particuliers datant des XVIe, XVIIIe et XIXe siècles.