L’église Notre-Dame de Ménestreau-en-Villette a été construite au début du XIIIe siècle. Elle aurait d’abord été la chapelle de l’ancien prieuré de Saint-Thibault, également présenté comme un ancien monastère. Un prieuré désigne un établissement religieux placé sous l’autorité d’un prieur ; dans le cas présent, l’édifice aurait donc précédé son usage comme église paroissiale. Cette origine explique le lien étroit établi entre l’église et l’ancien établissement de Saint-Thibault.
L’édifice mesure 38 mètres de longueur pour 12 mètres de largeur. À la construction médiévale du XIIIe siècle s’ajoute un clocher daté du XVe siècle. Celui-ci constitue un élément postérieur à l’édification initiale de l’église et témoigne de l’évolution de l’ensemble au fil du temps. Les informations disponibles permettent ainsi de distinguer deux principales étapes : la construction de l’église au début du XIIIe siècle, puis l’adjonction ou l’édification du clocher au XVe siècle.