La commune de Combreux était déjà constituée en paroisse au XVIe siècle. L’église Saint-Pierre actuelle est le troisième édifice religieux construit sur le territoire communal. Le premier, de dimensions modestes et édifié à une date inconnue, se trouvait à l’intérieur de l’actuel parc du château. Il fut détruit pendant les Guerres de Religion : les sources indiquent qu’il aurait été « non seulement incendié, mais ruiné jusqu’aux fondements ».
Une deuxième église fut ensuite bâtie en 1636, à l’emplacement occupé aujourd’hui par l’édifice. Au cours du XIXe siècle, elle menaçait de s’écrouler. Elle fut donc démolie, puis remplacée en 1869 par l’église actuelle. Celle-ci présente la particularité de ne pas être orientée selon l’axe traditionnel des églises, mais d’être construite suivant un axe nord-sud. Consacrée à saint Pierre, elle conserve également les reliques de sainte Philomène.
