L’histoire de Clairac est étroitement liée à celle de son abbaye bénédictine, dont la renommée dépassait les frontières au Moyen Âge. L’abbaye et le bourg établi autour de ses murs connurent leur apogée aux XIIe et XIIIe siècles. À cette époque, 120 moines y auraient vécu. Leur activité ne se limitait pas à la vie religieuse : ils travaillaient aux champs et s’employaient également à la copie de manuscrits.
L’abbé de Clairac exerçait aussi le pouvoir seigneurial sur le village. Il commandait deux bastides, cinq prieurés et environ une cinquantaine de paroisses. L’abbaye tirait en outre des revenus de deux moulins établis sur le Lot, ce qui témoigne de l’importance de ses possessions et de ses ressources.
L’héritage le plus singulier attribué aux moines de Clairac concerne toutefois la culture fruitière. Le prunier de Damas, rapporté des croisades, aurait été « enté » par eux pour la première fois, c’est-à-dire greffé. Ils auraient également découvert le séchage des prunes au soleil. Ces pratiques sont présentées comme à l’origine de la prune d’ente et du pruneau d’Agen, deux productions durablement associées à l’histoire de Clairac.
