L’église de Lugagnac a été bâtie au XVe siècle. Une partie de l’édifice a ensuite été détruite durant les guerres de Religion. Sa reconstruction intervient au XVIIe siècle, en même temps que celle des chapelles Saint-Roch et Saint-Jean. Ces transformations témoignent des différentes étapes de l’histoire du lieu de culte, marqué par les conflits puis par sa remise en état.
À la Révolution, l’église est vendue. Elle est toutefois rendue à l’évêché au XIXe siècle. Désacralisée aujourd’hui, c’est-à-dire qu’elle n’est plus affectée au culte, elle appartient désormais à la commune. En 1990, l’édifice fait l’objet d’une restauration totale. Cette campagne s’achève avec la création de six vitraux, dont la réalisation est confiée à Olivier Debré. Ainsi, l’église conserve la mémoire de son histoire religieuse tout en accueillant une intervention artistique contemporaine.
