L’église Saint-Côme d’Aiguillon s’élève sur un site anciennement occupé par un castellum du Haut-Empire, tandis qu’une voie romaine passait à proximité. La construction de l’édifice religieux remonte à la première moitié du XIIe siècle. Elle répondait alors aux besoins d’un prieuré dépendant de l’abbaye bénédictine de Clairac. Ce prieuré est mentionné au XIVe siècle dans une lettre du pape Clément V.
L’histoire de l’église a connu une évolution importante au XVIIe siècle. En 1644, un clocher-pignon doté de deux baies campanaires fut ajouté à l’édifice. En 1896, des fouilles furent entreprises à l’emplacement du porche et de ce clocher-pignon du XVIIe siècle. Ces éléments furent alors démolis afin de permettre l’allongement de la nef et la construction du clocher actuel. Les recherches archéologiques mirent au jour des fûts de colonnes ainsi qu’un chapiteau en marbre blanc, témoignant de la présence d’éléments architecturaux antérieurs ou associés à l’histoire du site.
L’église Saint-Côme est inscrite au titre des monuments historiques depuis 1925.
