L’église Saint-Étienne de Marsac est l’ancienne chapelle romane d’un prieuré bénédictin dépendant de l’abbaye de Clairac. Son plan se termine par une abside ronde. Elle devait également comporter un clocher établi sur la croisée du transept. Une partie de l’édifice est détruite pendant les Guerres de Religion.
Le prieuré est acquis par François de Montpezat en 1579. Il est ensuite uni au collège d’Agen en 1714, puis, en 1729, au chapitre du Latran, selon la mention qui associe également Saint-Jean à cette évolution. L’église fait l’objet de remaniements au XVIIe siècle. Une petite porte latérale porte la date de 1620. Le clocher-mur est construit au XVIIIe siècle.
Des restaurations sont réalisées en 1868 par l’entrepreneur Labenne. Vers 1880, la sacristie située au sud est construite par l’architecte départemental T. Teulère. Le clocher s’effondre partiellement en 1886. L’édifice est inscrit au titre des Monuments historiques en 1951 et en 1995.
