Le prieuré Saint-Hilaire de Commagny fut fondé au Haut Moyen Âge, au IXe siècle. L’ensemble conserve deux éléments principaux : le logis du prieur, rebâti au XVIe siècle, et l’église, dont l’architecture du début du XIIe siècle est demeurée intacte. Ces bâtiments témoignent ainsi de plusieurs étapes de l’histoire du prieuré, entre sa fondation et la reconstruction du logis.
L’église présente plusieurs particularités architecturales remarquables. Sa nef est couverte d’une très belle charpente lambrissée, c’est-à-dire d’une charpente garnie intérieurement d’un revêtement de bois. Le chœur se termine par un cul-de-four, une voûte en forme de demi-coupole, et il est orné de bandes lombardes. Ces bandes constituent un décor mural formé de petites arcatures verticales ; elles sont signalées comme très rares dans le Nivernais. L’édifice conserve également des chapiteaux historiés du XIIe siècle, dont les sculptures composent un décor figuré. L’église réunit ainsi plusieurs éléments qui permettent de découvrir l’architecture religieuse de cette période.
