Cette demeure du XVIIIe siècle est connue pour abriter la chambre natale de Gustave Flaubert. Celle-ci se trouvait dans le logement de fonction occupé par son père, chirurgien de l’Hôtel-Dieu. Le lieu associe ainsi la mémoire de l’écrivain à l’histoire de la médecine, à travers plusieurs ensembles consacrés aux pratiques et aux représentations médicales.
Le musée présente notamment un cabinet de curiosités anatomiques, c’est-à-dire un ensemble d’objets réunis autour de l’observation et de la connaissance du corps humain. Des céramiques pharmaceutiques témoignent également de l’univers lié à la préparation et à la conservation des remèdes. À ces collections s’ajoutent des statues de saints guérisseurs, qui évoquent la dimension religieuse traditionnellement associée à la protection contre la maladie et à la guérison. D’autres collections sont consacrées à la naissance et à la petite enfance.