Créé en 2008, le jardin botanique du musée Balaguier s’organise autour du thème du voyage des plantes. Il est également associé à l’histoire du jardin botanique de la marine de Toulon, auquel il fait référence dans son approche. Le jardin met ainsi en relation la présentation botanique et l’évocation des circulations végétales liées à l’univers maritime. Son existence repose sur ce double fil conducteur : d’une part, le déplacement et la diffusion des plantes ; d’autre part, la mémoire du jardin botanique de la marine de Toulon. Installé autour du musée Balaguier, il constitue un espace consacré à cette thématique et prolonge, dans un cadre jardiné, la réflexion sur les plantes et leur voyage. La création de cet aménagement en 2008 marque la mise en place de cette orientation botanique et historique.