L’église Saint-Germain de La Ferté-Loupière a été construite au tout début du XIIe siècle. De cette première église romane subsistent notamment le porche d’entrée, de pur style roman, ainsi que les trois premières arcades en plein cintre de la nef principale. À la croisée des transepts, une fine flèche d’ardoise prolonge l’ascendance des toits de tuile.
L’édifice s’est ensuite développé par superpositions successives. Aux XIVe et XVe siècles, une église gothique fut élevée sur un second niveau. Détruite avec la ville pendant la Guerre de Cent Ans, elle fut reconstruite par Pierre de Courtenay dans le style ogival flamboyant. Les dernières arcades et les fenêtres de la façade présentent ainsi une forme ogivale ; ces dernières conservent quelques vestiges de leurs vitraux primitifs. Dans le chœur, un fragment de vitrail porte les armes de Pierre de Courtenay et celles de son épouse Perrine de la Roche. Cette représentation permet de penser que la reconstruction eut lieu entre leur mariage, en 1471, et la mort du seigneur, en 1504.
Les arcades reposent sur les piles en grès de l’église romane, à environ 1,20 mètre du sol, tandis que le dallage d’origine se trouve enfoui à deux mètres de profondeur. Les chapiteaux sont ornés de motifs géométriques, de volutes et de décors végétaux. Au XVIIe siècle, une troisième élévation entraîna notamment la surélévation de la voûte de la nef, l’élargissement et le rehaussement des bas-côtés, ainsi que l’aménagement de fenêtres à arc bombé. Au XIXe siècle, les voûtes du chœur et des deux chapelles furent remplacées par les voûtes à berceau actuelles, plus hautes, tandis que plusieurs fenêtres furent aveuglées. Le chœur conserve une grande verrière dotée d’un vitrail réalisé en 1889. La chapelle de gauche abrite également un escalier à vis du XVe siècle.
L’église est surtout remarquable par ses peintures murales, parmi lesquelles figure une exceptionnelle Danse Macabre. Réalisée à la fin du XVe siècle et au XVIe siècle, elle se déploie sur 25 mètres et met en scène 42 personnages. Précédée du Dict des Trois Morts et des Trois Vifs, elle comprend un écrivain, trois squelettes musiciens et 19 couples de Vivants accompagnés chacun par son Mort. Des clercs et des laïcs y représentent la hiérarchie sociale de l’époque. L’ensemble est complété par un Saint Michel terrassant le Dragon et une Vierge de l’Annonciation. La Danse Macabre rappelle que la mort est inattendue, inévitable et qu’elle rétablit l’égalité entre tous.
L’église et ses peintures murales sont classées au titre des Monuments historiques depuis 1911, ainsi qu’une cloche du XIVe siècle. En 2009, les peintures ont valu à la commune le Grand Prix de la Fondation Prince Louis de Polignac. L’église fait partie du Réseau des Peintures Murales de Puisaye-Forterre.
